L’orgue de l’église Saint-François d’Assise est signé Joseph Merklin (1819 - 1905), un concurrent direct d’Aristide Cavaillé-Coll (1811 - 1899) auteur notamment du grand-orgue de Notre-Dame d’Annonay. Placé à partir de 1876, son inauguration solennelle a eu lieu le 26 octobre 1889 à la suite d’un agrandissement. Il a été relevé en 1912, 1931 et 1967 date des derniers travaux sur l’instrument. Lors de la mise en place des stalles en 1899, son buffet avait été surélevé…
Sources : FAURE Emmanuelle, FAURE Bernard, OSSET Claude.- Annonay en Fêtes, 1860 – 2000.- Jean Pierre Huguet Editeur, Saint-Julien-Molin-Molette.-2002.- 283 p et PASQUION S.- Petit aperçu historique sur les paroisses d’Annonay.- dossier disponible à la Bibliothèque Communautaire du Bassin d’Annonay.- 1995 – 2000.- 100 p.
Il est actuellement inutilisable depuis environ 1990. Des touches se coincent à cause d'une transmission électropneumatique très défaillante… La peau des membranes s’effritent et des tuyaux s’affaissent sur des jeux.